Fernando Peña Defilló nació en 1926 en la ciudad de Santo Domingo. Era hijo del abogado, historiador y diplomático Manuel Arturo Peña Batlle (1902–1954), quien fue presidente de la Cámara de Diputados de 1942 a 1943 y canciller de 1943 a 1946, y de Carmelita Defilló Sanz, quien era prima del célebre músico catalán Pau Casals Defilló.